Постепенное преодоление политической раздробленности русских земель обусловило более быстрый рост производительных сил страны.
Новым явлением было распространение в XVI веке земледелия на севере и пристепном юге. Началась специализация отдельных районов. На северо-западе и западе расширялись посевы льна, на северо-востоке добывалась соль, население занималось морским рыболовством. В северной полосе - от Пскова до Ярославля и Холмогор - развивалось скотоводство. Впервые наметилось географическое разделение труда: Новгород, Тула, Тихвин, Заонежье и Устюжна, Железопольская стали центрами железоделательного производства, Вологда, Ярославль и Новгород славились своими кожевниками. Расширились и укрепились связи между местными рынками. Крупными центрами торговли стали не только Москва, но и Холмогоры, Нижний Новгород, а позднее Казань и Астрахань. В Поволжье были основаны новые города - Самара, Саратов, Симбирск, Царицын.
Выход России во второй половине XVI века к берегам Каспийского моря привел к усилению торговли с Северным Кавказом, Персией, Закавказьем, Средней Азией. В Россию стали ввозиться индийские и китайские товары - шелк, краски, пряности, ткани, фарфор. Установились связи с Англией и Голландией, торговля с которыми шла через Архангельск и Колу.
Однако уже в начале XVI века дальнейшее экономическое развитие страны буквально упиралось в пережитки феодальной раздробленности. В конце 30-х и в 40-х годах России пережила тяжелую полосу феодально-аристократической реакции. Развернулась ожесточенная борьба за власть соперничавших друг с другом боярских группировок - Шуйских, Бельских и Глинских. Боярское правление привело к резкому усилению налогового гнета, беззаконий и вымогательств бояр и близких к ним людей.
Дворянство потребовало устранения бояр. Идеологом дворян выступил крупный публицист XVI века И. С. Пересветов. В его сочинениях выдвигались требования наделения дворян землёй, укрепления самодержавия и усиления централизованного управления страной. И. С. Пересветов требовал активизации внешней политики в Поволжье и т. д.
Однако не эти противоречия внутри господствующего класса, а классовая борьба угнетенных масс решила судьбу бояр-временщиков. Летом 1547 года в Москве вспыхнуло восстание, которое нашло отклик в Опочке и Гороховце, а позднее в Пскове и Великом Устюге. Активизировались выступления крестьян против феодалов. Правительство стоявших у власти князей Глинских пало. Но результатами народной борьбы воспользовались не трудящиеся массы, а дворянство.
Усилившаяся классовая борьба побудила феодалов сплотиться. Боярская аристократия вынуждена была пойти на уступки дворянству. Начался период реформ. Их проводили стоявшие у власти Адашев, Сильвестр, Курлятев и др. В 1550 году был принят новый Судебник, несколько ограничивший власть феодалов на местах и усиливший позиции дворянства. Судебник сохранял за крестьянами право Юрьева дня. Затем была упорядочена служба дворян и определены размеры их земельного жалованья. Суд по важнейшим делам был передан избиравшимся из числа местных дворян судьям - «губным старостам». Сбором податей стали ведать избиравшиеся посадскими людьми и жившими на государственных землях крестьянами (черносошными) «излюбленные головы» и «целовальники».
С 1549 года в России начали созываться Земские соборы. С 1566 года к участию в них стали привлекаться представители посадов, но решающее слово принадлежало дворянству. Российское самодержавие приобретало некоторые черты сословно-представительной монархии.
Проведенные в 50-х годах реформы оказались полумерой. Они не сломили боярской аристократии, хотя и несколько подорвали ее могущество. Начались измены и заговоры крупных феодалов. В конце 1564 года царь Иван IV предпринял крупный политический маневр. Он выехал из Москвы и отправился в Александровскую слободу. Отсюда в Москву были отправлены два послания. В одном царь обвинял бояр в изменах, в другом заверял «черный люд» в том, что «гнева на них и опалы на них никакой нет». Феодальная аристократия оказалась как бы между двух огней - самодержавием и народом, который начал выступать против нее. Бояре отправились к царю. Воспользовавшись их растерянностью, Иван IV заставил бояр согласиться на разделение страны на земщину и опричнину. Во главе земщины оставалась боярская дума. Опричнина была подвластна только царю. Возникло особое опричное войско вначале численностью в тысячу человек. В опричнину постепенно вошли центр и север страны, где началась ликвидация крупных вотчин. Из рук бояр-княжат земли переходили опричникам, подавляющее большинство которых составляли дворяне.
Опричнина сопровождалась разгромом боярской оппозиции. Начались казни. Мнительность Ивана IV приводила к тому, что гибли ни в чем не повинные люди. Вместе с боярами казнили их слуг, дворню, даже холопов и крестьян. Поход опричников в Новгород (1570 г.) сопровождался невероятными жестокостями и кровопролитием, убийствами тысяч простых горожан и крестьян.
К 1572 году произошло перераспределение земли в пользу дворянства. Формально опричнина была ликвидирована, хотя эту же политику продолжал так называемый государев двор и опричные порядки постепенно распространились на всю Россию.
В ликвидации пережитков феодальной раздробленности опричнина сыграла объективно прогрессивную роль. Однако эту политику самодержавия нельзя рассматривать вне классовой борьбы того времени. Идеализация Ивана IV проявлялась, помимо всего прочего, и в том, что опричнина рассматривалась исключительно как борьба внутри господствующего класса, между дворянством и боярством. На самом же деле эта политика самодержавия основной своей тяжестью ложилась на плечи крестьянских масс. Утверждение дворянского землевладения сопровождалось резким усилением крепостничества и феодальной эксплуатации. В 1581 году правительство издало указ о «заповедных летах», которым на неопределенное время отменялось право Юрьева дня и крестьяне полностью закреплялись за помещиками. Таким образом, самодержавие сделало новый шаг по пути окончательного закрепощения крестьян.