Раньше полагали, что образование врожденных кист и свищей шеи зависит от незаращения жаберных щелей и называли их бранхиогенными. Позднейшие работы показали, что срединные кисты и свищи шеи возникают из существующего в эмбриональном состоянии ductusthyreoglossus, а боковые кисты и свищи — из ductusthymopharyngeus, Первый на 3—4-й неделе развития зародыша проходит от корня языка до передней поверхности шеи. Из нижнего отдела этого хода развивается щитовидная железа, а от верхнего на корне языка остается лишь след в виде foramencoecum. При неполном обратном развитии от ductusthyreoglossusостаются отшнурованные остатки хода, из которых и образуются свищи и кисты, достигающие размера куриного яйца. Они располагаются в области подъязычной кости или несколько ниже нее. Свищи возникают вследствие незаращения нижнего отверстия хода или из нагноившихся и вскрывшихся кист. Свищи выделяют слизистую жидкость, раздражающую окружающую кожу, и самостоятельно не закрываются. Нередко наблюдаются повторные вспышки воспалительного процесса. Диагностика срединных кист и свищей не встречает затруднений, если принять во внимание их существование с раннего детства.
Боковые врожденные кисты и свищи шеи образуются из остатков железистого хода ductusthymopharyngeus. На 3-й педеле развития зародыша этот ход образует по обеим сторонам первичной глотки два углубления, которые превращаются в каналы, идущие от глотки до грудины. Из нижнего конца впоследствии образуется glandulathymus, и весь ход подвергается обратному развитию. Боковые кисты и свищи располагаются латерально от средней линии, но всегда кпереди от грудино-ключично-сосковой мышцы. Боковые кисты могут достигать больших размеров и заходить за среднюю линию шеи.
Лечение срединных и боковых кист и свищей шеи может быть только хирургическим, так как консервативные методы не ведут к излечению. Методика хирургического лечения состоит в удалении остатков хода на всем протяжении, иначе возможны рецидивы. Для выяснения длины хода перед операцией показана фистулография (рентгеновский снимок свищевого хода, наполненного контрастным веществом, например сергозином).