Москва была освобождена, но страна находилась в очень тяжелом положении. Войска интервентов еще стояли недалеко от столицы.
По стране бродили отряды шляхты, один из которых был заведен в лесную чащу славным русским патриотом крестьянином Иваном Сусаниным. Города были разорены и обезлюдели, деревни сожжены и разграблены. На севере и северо-западе хозяйничали шведские захватчики. В таких условиях в начале 1613 года состоялся
Земский собор, на котором после длительной борьбы голосами бояр и дворянства был избран царем Михаил Романов (1613-1645 гг.).
Основной задачей нового правительства стала борьба за освобождение всей страны. Героическая оборона Пскова, осажденного шведскими интервентами, партизанская борьба, развернувшаяся в Карелии, и действия правительственных войск заставили Швецию отказаться от своих планов и начать мирные переговоры. В 1617 году в Столбове (близ Тихвина) был подписан мир. Швеция освобождала Новгородскую землю, но в ее руках оставались все побережье Финского залива, Карельский перешеек, течение Невы и города Ям, Копорье, Иван-город, Корела и Орешек.
В 1617-1618 годах польско-литовские войска предприняли новый поход на Москву, но были разгромлены у самых стен столицы. После этого в селе Деулине было заключено перемирие сроком па четырнадцать с половиной лет. К Польше отходили Смоленская земля и большая часть Северской Украины.
Потеря выхода к Балтийскому морю, а также захват польскими и шведскими феодалами коренных русских земель ослабили страну. Вместе с тем мирный договор, который вынуждена была подписать Швеция, и перемирие с Польшей означали крах планов порабощения России.
Восстановление хозяйства страны целиком легло на плечи трудящихся деревни и города. Правительство широко раздавало земли дворянам, что вело к росту крепостничества. Первое время, учитывая разорение деревни, правительство несколько уменьшило прямые налоги. Зато выросли различного рода чрезвычайные сборы («пятая деньга», «десятая деньга», «казачьи», «стрелецкие» и др.) , большинство которых вводилось почти непрерывно заседавшими Земскими соборами. Налоговое бремя ложилось главным образом на плечи черносошных крестьян и посадских людей.
Когда деревня и город несколько окрепли, все виды обложения были вновь увеличены. Правительство начало лишать денежного жалованья стрельцов, пушкарей, городовых казаков и мелкий чиновный люд. Был введен разорительный для народа налог на соль. Посадский люд страдал от ухода части населения на «белые места», то есть на освобожденные от государственных налогов земли крупных феодалов и монастырей. Оставшиеся в посаде должны были платить прежнюю сумму налогов, и на каждого плательщика приходилась еще большая доля.
Обострение классовых противоречии в годы правления царя Алексея Михайловича (1645-1676 гг.) вылилось в ряд больших городских восстаний.
1 июня 1648 года вспыхнуло восстание в Москве («соляной бунт» ). В течение нескольких дней город был фактически в руках народа. Восставшие разорили дома многих бояр и купцов. 10 июня 1648 года дворяне и крупное купечество Москвы потребовали изгнания царского фаворита Б. И. Морозова и созыва Земского собора.
1 сентября 1648 года в Москве открылся Земский собор. Его деятельность была политическим успехом дворянства. В начале 1649 года собор принял новый свод законов - Соборное уложение. Оно навсегда лишало крестьян права менять своих владельцев и установило бессрочный розыск беглых. Тем самым было окончательно оформлено крепостное право в России. Уложение ликвидировало «белые места». Были расширены права дворян на земли и на крестьян. Уложение установило жестокие кары за преступления против царя и церкви.
Принятие Уложения еще более обострило социальные противоречия в стране. В феврале 1650 года вспыхнуло восстание в Пскове, а в марте - в Новгороде. Особенно активно боролись ремесленники, мелкие купцы и стрельцы, восставшие в Пскове. Этим движением руководили выборные во главе с «хлебником» Гаврилой Демидовым. Они объединились в земской избе, которая стала как бы штабом восстания. Псковичи вернулись к старой политической системе собирались на вечевые сходы по звону колокола.
К псковичам присоединились население Гдова, Острова, Изборска и крестьяне Шелонской пятины. Правительству пришлось прибегнуть к созыву специального Земского собора, отправившего делегацию в Псков. Приход к власти в Пскове «лучших» людей, сменивших Демидова и его единомышленников, привели к поражению восстания.
В июле 1662 года в Москве произошло последнее крупное городское восстание XVII века. Его причиной было введение правительством медных денег. Движение было жестоко подавлено. «Медный бунт» явился непосредственным преддверием крестьянской войны под руководством С. Разина.